Jürgen Todenhöfer befindet sich auf einer Mission: Er möchte dazu beitragen, dass die Deutschen und Europäer ein anderes Verständnis für die islamische Welt gewinnen. Bisher, so glaubt er, würde man im Westen bisweilen mit etwas Arroganz oder gar Verachtung auf die Länder zwischen Maghreb und Indonesien schauen. Man halte den Islam für rückständig oder frauenfeindlich, vergesse dabei aber seine positiven Botschaften. Todenhöfer hat eine Reihe von Büchern über den Islam veröffentlicht.
Ein CDU-Mann als großer Islamversteher
Noch vor einigen Jahren war die CDU eine konservative Partei, die mit dezidiert islamkritischen Äußerungen auf Wählerfang ging. Jürgen Todenhöfer, der stets den Weg der Akzeptanz und Toleranz mit der Religion des Propheten Muhammed zu gehen forderte, wirkte da wie ein Fremdkörper. Spätestens seit die Partei von der jetzigen Kanzlerin Merkel geleitet wird, hat sie ihre Inhalte aber durchaus den Thesen Todenhöfers angepasst. Heute möchte man gezielt ein migrantisches Wählermilieu ansprechen und verspricht Moslems 
dieselben Aufstiegschancen wie gebürtigen Deutschen. Auch die Äußerung von Ex-Bundespräsident Christian Wulff, CDU, der Islam gehöre zu Deutschland, passt da sehr gut ins Bild.
Die gefährlichste Terrorgruppe der Welt von innen
Das Buch Inside IS verkaufte sich in Deutschland hunderttausendfach und das hat auch einen ganz bestimmten Grund. Als erster nicht-islamischer Journalist war Jürgen Todenhöfer in das Gebiet des Islamischen Staates gereist, um dort Nachforschungen anzustellen. Wesentliche Teile seines Buches bestehen aus Eindrücken und Interviews mit den dortigen Kämpfern des Terrorismus.
Tätigkeiten als Verleger
Abgesehen von seiner Politiker- und Autorentätigkeit betätigte sich Jürgen Todenhöfer zeitweise auch als Verleger. Er beaufsichtigte die linke Wochenzeitung Der Freitag und verpasste ihr einen noch islamfreundlicheren Kurs. Innerhalb der Journalistenszene ist Todenhöfer aufgrund seiner einseitigen Darstellungen umstritten.